FTP接続して、Wordpressのファイルを覗いてみるととても多くのファイルで構成されていることがわかります。全て理解することに越したことはないのですが、普通にサイトをいじる程度だったら、よく使うものだけ覚えておけば問題ありません。
全てを見るのは、時間がかかりすぎるのでよっぽど深いことをしない限りやめておきましょう。
WordPressディレクトリの構造
大体こんな感じになっているかと思います。
ここでよく使うのは、wp-contentとwp-config.phpです。それ以外はほとんど無視して構いません。
wp-config.php
よく使うと書きましたが、基本的に最初の設定の時に編集した後は、ほとんどいじりません。データベースと接続するための情報を書いたりするためのファイルです。
XSERVERの簡単インストールを使えば、触ることなくサイトは立ち上がります。
wp-content
このディレクトリの中身を見てみましょう。
「languages」「plugins」「themes」「upgrade」「uploads」「index.php」があります。
サイトの実態（例えばTOPページのソースなど）は、themes > テーマ名 > テーマを構成するファイルたち にあります。
ここが一番編集するところかと思います。index.phpやcssファイルなど一式がここに詰まっていて、これらを編集することでサイトの見た目や機能を変えていくことができます。
その他で触ることがあるのは、「plugins」「uploads」でしょうか。
「plugins」にはインストールしているプラグインのデータ、「uploads」には、メディアにアップロードした画像やファイルなどが入っていきます。
要するに
- wp-config.phpでデータベースの接続設定をする。
- WordPressをカスタマイズしたいという方は、wp-contentの中の「Themes」をいじればOKです。
- 「plugins」「uploads」はプラグインを直接入れたい時や、アップロードした画像たちをバックアップしたいときとかに使う・・・という感じです。
これからサイトをカスタマイズしていきたいという方は、wp-contentの中のthemesを徹底的に触りまくりましょう。
それ以外は問題発生した時にググればOK
それ以上のことをしたい場合は、Wordpress以外の選択肢を選んだ方が良いかと思います。